Beliau dibesarkan dalam keluarga ulama Islam. Datuknya "Muhammad Ali bin Abdulwadud" merupakan seorang ulama Islam. Syeikh Muhammad belajar 48 bidang ilmu daripadanya dalam bidang kebudayaan Islam dan Arab seperti seni pidato, sajak, bahasa Arab dan Islam.[9] Beliau tinggal rapat dengan datuknya sehingga datuknya meninggal dunia pada 1982.[10] Beliau mula belajar dan menghafal al-Quran semasa beliau berusia 5 tahun bersama keluarganya dan khatam hafal di usia 7 tahun. Beliau belajar Qiraat Sepuluh daripada ibunya, kemudian beliau belajar hadis.[11]

Beliau belajar lebih lanjut tentang Islam daripada bapa saudaranya dari keluar ibunya, dan belajar daripada bapa saudara ibunya "Mohammed Al-Amin bin Dado" yang juga merupakan ulama Islam.[12]